南宋的三省六部，大致是东起六部桥一线，西到大马厂的山坡，南起现在的万松岭路，北近白马庙巷。背靠青山，面朝大江，紧靠皇城，风水不薄。《梦粱录》上三省的排列是：“尚书省、中书省、门下省”。尚书省管执行，中书省管决策，门下省管审议，相当于后来的行政、立法、检察（审计）。《梦粱录》的这一个排序，也说明中国的治政，历来重执政的权力，重人治。

    六部隶属尚书省，有吏部（主管组织、人事），户部（主管国土资源、财政），兵部( 主管国防、部队建设)，刑部( 主管司法、刑讯)，礼部( 主管教育、文化)，工部( 主管水利、兵器制作)。

    六个部下辖二十四个司（也有的书称作“曹”），每一个部不一定辖有平均的司，根据责任范围设定。如果按权力的势利，六部也有尊次。有的富得流油，有的清苦得“齑面”（咸菜拌面）、“呷醋”（以醋代酒）的。按陆游的说法，吏、户、刑部“人人富饶”；礼、兵、工部“典了袚裤”。“典了袚裤”就是连裤子围裙都典当了。这一说法，有点文学的夸张，毕竟事实。

    建炎年的“扈驾南渡”，人人亡命鼠奔，不少官员士大夫，连身份族谱都丢净了。定都事定，要到吏部去跑批文；一打仗，军赏多了，也要跑户部审批；国家赔偿金搞大了，赋敛越紧，跑减免税金的多了，都得往户部跑。跑刑部就是要性命的官司，大乱甫定，市场经济一搞，干刑狱官司的相当吃香。这还没将“跑官” 的算里面。

    那时候执政大院门口没有“信访办”，有“六部监门”。接待的也不是人民来访，而是外来官员。《梦粱录》说，“六部监门在六部大门之左”，绍兴年间享受“八品”。估计这一个级别还是罩不住进出的官员。到了宁宗嘉定六年（1213），增设了一个正司级（郎）的“门监”，享受“三品”。

    宋史中常有“二府”一说，指的一是尚书省，一是枢密院。枢密院管的是军队，战争年代举足轻重。宋史中还常有“宰”与“丞” 的称呼。“宰”就是“宰相”，常指“尚书左、右仆射”的职务。丞相，按《历代官职简释• 丞相》的说法，只用以位置权臣的，也就是一人之下，万人之上，往往进一步就可窥视皇位，这很让当皇帝的不安。所以，孝宗以后，采取了左右丞相的职位。史书评价宋孝宗是平衡与牵制权臣的高手，也在于此。后来的韩侂胄、施弥远、贾似道，之所以大权独揽，先破坏的，就是这个制衡。

    执政大院内还有一个“谏院”。虽也是“院”，往往是“鸡肋”，食之无味，弃之不能。高宗初时，还倒有一点从谏如流，后来大致就是摆设了。

    值得一说的还有“寺”，当然不是“寺庙”。寺庙的“寺”来源梵语；官署的“寺”，按《说文》的解释“寺，廷也”，指的是宫廷中的侍卫人员，后来侍卫人员的官署就称“寺”了。

    南宋有“五寺”之说：太常寺，主管祭祀礼乐；大理寺，审案勘问；太府寺，管理“买务卖场”；司农寺，管理农事；宗正寺，专修皇室档案。